Thành phố Phúc Yên đang tiến hành quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội; quy hoạch chung đô thị thành phố đến năm 2010 và định hướng đến năm 2020; trong quy hoạch phát triển đô thị kết hợp với phát triển công nghiệp, ưu tiên cho công nghiệp sạch, công nghiệp chế biến có sử dụng nhiều lao động. Cùng với quá trình quy hoạch tổng thể bước đầu các khu, cụm đô thị, cụm công nghiệp của thành phố đã dần được hình thành:

• Cụm đô thị Phúc Thắng – Nam Viêm, quy mô 275 ha.
• Cụm đô thị Hùng Vương, quy mô 100 ha.
• Cụm đô thị Đầm Và, quy mô 70 ha.
• Cụm đô thị Đồng Sơn tại phường Phúc Thắng, quy mô 36,9 ha.

Khu công nghiệp Phúc Thắng - Kim Hoa đã được đã được Chính phủ phê duyệt năm 1998 với diện tích trên 260 ha. Trong đó quy hoạch diện tích đất phường Phúc Thắng thuộc thành phố Phúc Yên là 50 ha.

Hiện nay, trên địa bàn thành phố Phúc Yên đã và đang hình thành một số khu đô thị mới như khu đô thị Hùng Vương nằm trên địa bàn phường Tiền Châu, khu đô thị Đồng Sơn nằm trên địa bàn phường Phúc Thắng, khu đô thị TMS Land Hùng Vương nằm trên địa bàn phường Hùng Vương.